داخل النظام الضوئي، تلتقط الإنزيمات فوتونات الضوء لتنشيط الإلكترونات التي يتم نقلها بعد ذلك عبر مجموعة متنوعة من العوامل المرافقة (انزيم) والعوامل المساعدة للحد من البلاستوكينون إلى البلاستوكينول. يتم استبدال الإلكترونات المنشطة بواسطة الماء المؤكسد لتشكيل أيونات الهيدروجين والأكسجين الجزيئي.
من خلال تجديد الإلكترونات المفقودة مع الإلكترونات من انقسام الماء، يوفر النظام الضوئي الثاني الإلكترونات لكل عملية التمثيل الضوئي. تساعد أيونات الهيدروجين (البروتونات) الناتجة عن أكسدة الماء في إنشاء تدرج بروتون يستخدم بواسطة سينسيز ATP لتوليد ATP. تستخدم الإلكترونات النشطة المنقولة إلى البلاستوكينون في النهاية للحد من NADP + إلى NADPH أو تستخدم في تدفق الإلكترون غير الدوري.[1][2]
^Loll، Bernhard؛ Kern، Jan؛ Saenger، Wolfram؛ Zouni، Athina؛ Biesiadka، Jacek (1 ديسمبر 2005). "Towards complete cofactor arrangement in the 3.0 resolution structure of photosystem II". Nature. ج. 438: 1040–1044. DOI:10.1038/nature04224. ISSN:0028-0836. مؤرشف من الأصل في 2019-06-02.
^Biesiadka, Jacek; Zouni, Athina; Saenger, Wolfram; Kern, Jan; Loll, Bernhard (2005-12). "Towards complete cofactor arrangement in the 3.0 Å resolution structure of photosystem II". Nature (بالإنجليزية). 438 (7070): 1040–1044. DOI:10.1038/nature04224. ISSN:1476-4687. Archived from the original on 2019-12-15. {{استشهاد بدورية محكمة}}: تحقق من التاريخ في: |تاريخ= (help)