Degradação de Edman

Degradação de Edman é uma metodologia desenvolvida por Pehr Edman para sequenciamento de aminoácidos de um peptídeo.[1] Neste método, o resíduo amino-terminal é marcado e clivado em em peptideo sem afetar as ligações peptídicas entre outros resíduos de aminoácidos.

Mecanismo

Edman Degradation with generic amino acid peptide chain
Edman Degradation with generic amino acid peptide chain

Fenilisotiocianato reage com um grupo amino-terminal não carregado, sob condições levemente alcalinas, para formar um derivado cíclico do feniltiocarbamoil. Então, sob condições ácidas, este derivado é clivado como um derivado da tiazolinona. O aminoácido derivado de tiazolinona é então extraído seletivamente usando solventes orgânicos e posteriormente tratado com ácido para formar o derivado mais estável feniltiohidantoína (PTH) - substância que pode ser identificada por meio de cromatografia ou de eletroforese. Este procedimento pode ser repetido mais uma vez para identificar o aminoácido seguinte. Um grande inconveniente desta técnica é que os peptídeos a serem sequenciados desta forma não pode ter mais de 50 a 60 resíduos (e, na prática, inferior a 30). O comprimento do peptideo é limitado, devido à derivação cíclica nem sempre poder ser completada. O problema da derivatização pode ser resolvido clivando grandes peptídeos em peptideos menores antes de prosseguir com a reação. É possível sequenciar com precisão até 30 aminoácidos com máquinas, com mais de 99% de eficiência por aminoácido. Uma vantagem da degradação de Edman é que ela utiliza apenas 10-100 pico-moles de peptideo para o processo de sequenciação.[2]

Limitações

Não é possível sequenciar peptídeos cuja extremidade N-terminal esteja bloqueada (acetilado, formilado, etc.) Cerca de 50% das proteínas tem a extremidade bloqueada, quer naturalmente ou durante a preparação da amostra, onde as substâncias contidas em tampões são capazes de reagir com este grupo. Outra limitação da degradação de Edman é que do desempenho não é de 100% em muitos casos, por conseguinte, quando os acontecimentos levar muitos ciclos (mais do que 50 aminoácidos analisados​​) são obtidos muitos erros.

Referências

  1. ↑ Edman, P.; Högfeldt, Erik; Sillén, Lars Gunnar; Kinell, Per-Olof (1950). «Method for determination of the amino acid sequence in peptides». Acta Chem. Scand. 4: 283–293. doi:10.3891/acta.chem.scand.04-0283 
  2. ↑ Niall HD (1973). «Automated Edman degradation: the protein sequenator». Meth. Enzymol. Methods in Enzymology. 27: 942–1010. ISBN 978-0-12-181890-6. PMID 4773306. doi:10.1016/S0076-6879(73)27039-8 
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