IFITM3

IFITM3
Идентификаторы
ПсевдонимыIFITM3, 1-8U, DSPA2b, IP15, interferon induced transmembrane protein 3
Внешние IDOMIM: 605579 MGI: 1913391 HomoloGene: 136199 GeneCards: IFITM3
Расположение гена (человек)
11-я хромосома человека
Хр.11-я хромосома человека[1]
11-я хромосома человека
Расположение в геноме IFITM3
Расположение в геноме IFITM3
Локус11p15.5Начало319,676 bp[1]
Конец329,475 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
7-я хромосома мыши
Хр.7-я хромосома мыши[2]
7-я хромосома мыши
Расположение в геноме IFITM3
Расположение в геноме IFITM3
Локус7|7 F5Начало140,589,499 bp[2]
Конец140,590,683 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
  • left uterine tube

  • Descending thoracic aorta

  • upper lobe of left lung

  • body of uterus
Наибольшая экспрессия в
  • right lung lobe

  • left lobe of liver

  • ankle joint
Дополнительные справочные данные
BioGPS
н/д
Генная онтология
Молекулярная функция
  • связывание с белками плазмы
Компонент клетки
  • часть мембраны
  • эндосома
  • мембрана
  • late endosome membrane
  • клеточная мембрана
  • lysosomal membrane
  • лизосома
  • protein-containing complex
Биологический процесс
  • negative regulation of viral entry into host cell
  • response to interferon-gamma
  • immune system process
  • response to virus
  • response to interferon-beta
  • response to biotic stimulus
  • negative regulation of viral genome replication
  • type I interferon signaling pathway
  • иммунный ответ
  • response to interferon-alpha
  • врождённый иммунитет
  • negative regulation of viral transcription
  • defense response to virus
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez

10410

66141

Ensembl

ENSG00000142089

ENSMUSG00000025492

UniProt

Q01628

Q9CQW9

RefSeq (мРНК)

NM_021034

NM_025378

RefSeq (белок)

NP_066362

NP_079654

Локус (UCSC)Chr 11: 0.32 – 0.33 MbChr 7: 140.59 – 140.59 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Логотип Викиданных Информация в Викиданных
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

IFITM3 (англ. Interferon-induced transmembrane protein 3; GGT1) — мембранный белок из семейства интерферон-индуцируемых мембранных белков, продукт гена человека IFITM3 [5][6][7].

У человека семейство IFITM представлено 4 генами 11-й хромосомы: IFITM1, IFITM2, IFITM3 и IFITM5[8]. У мыши в семейство входят 7 белков (есть также IFITM6 и IFITM7).

Функции

IFITM3, как и другие члены этого семейства, является антивирусным белком, который ингибирует вход вируса в клеточную цитоплазму. Белок нарушает гомеостаз холестерина. Ингибирует вход вируса в цитоплазму клетки хозяина за счёт предотвращения слияния вируса с эндосомами, истощёнными по холестерину. Может инактивироать вновь образующиеся вирусные частицы, отпочкующиеся от мембраны заражённой клетки за счёт их отпочковывания от холестерин-обеднённой мембраны. Белок активен против вируса гриппа A, коронавираса SARS, вируса Марбург, вируса Эбола, вируса лихорадки денге, вируса лихорадки Западного Нила, ВИЧ-1 и вируса везикулярного стоматита. Играет важную роль в структурной стабильности и функционировании вакуолярной АТФазы (v-ATPase). Взаимодействует с эндосомальной v-ATPase, которая критически важна для правильной локализации клатрина и необходим для функционирования АТФазы в понижении кислотности в фагоцитарных эндосомах, что в результате устанавливает антивирусное состояние клетки.

Примечания

  1. ↑ 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000142089 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000025492 - Ensembl, May 2017
  3. ↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ↑ Lewin A.R., Reid L.E., McMahon M., Stark G.R., Kerr I.M. Molecular analysis of a human interferon-inducible gene family (англ.) // Eur J Biochem[англ.] : journal. — 1991. — August (vol. 199, no. 2). — P. 417—423. — doi:10.1111/j.1432-1033.1991.tb16139.x. — PMID 1906403.
  6. ↑ Tanaka S.S., Yamaguchi Y.L., Tsoi B., Lickert H., Tam P.P. IFITM/Mil/fragilis family proteins IFITM1 and IFITM3 play distinct roles in mouse primordial germ cell homing and repulsion (англ.) // Dev Cell[англ.] : journal. — 2005. — December (vol. 9, no. 6). — P. 745—756. — doi:10.1016/j.devcel.2005.10.010. — PMID 16326387.
  7. ↑ Entrez Gene: IFITM3 interferon induced transmembrane protein 3 (1-8U)  (неопр.).
  8. ↑ Hickford D., Frankenberg S., Shaw G., Renfree M.B. Evolution of vertebrate interferon inducible transmembrane proteins (англ.) // BMC Genomics[англ.] : journal. — 2012. — Vol. 13. — P. 155. — doi:10.1186/1471-2164-13-155. — PMID 22537233. — PMC 3424830.

Литература

  • Vaarala M.H., Porvari K., Kyllönen A., Vihko P. Differentially expressed genes in two LNCaP prostate cancer cell lines reflecting changes during prostate cancer progression (англ.) // Lab. Invest.[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 80, no. 8. — P. 1259—1268. — doi:10.1038/labinvest.3780134. — PMID 10950117.
  • Hartley J.L., Temple G.F., Brasch M.A. DNA cloning using in vitro site-specific recombination (англ.) // Genome Res.[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 10, no. 11. — P. 1788—1795. — doi:10.1101/gr.143000. — PMID 11076863. — PMC 310948.
  • Simpson JC; Wellenreuther R; Poustka A; Pepperkok, R; Wiemann, S. Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing (англ.) // EMBO Rep.[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 1, no. 3. — P. 287—292. — doi:10.1093/embo-reports/kvd058. — PMID 11256614. — PMC 1083732.
  • Strausberg RL; Feingold EA; Grouse LH; Derge, JG; Klausner, RD; Collins, FS; Wagner, L; Shenmen, CM; Schuler, G.D. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
  • Gerhard DS; Wagner L; Feingold EA; Shenmen, CM; Grouse, LH; Schuler, G; Klein, SL; Old, S; Rasooly, R. The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res.[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
  • Wiemann S; Arlt D; Huber W; Wellenreuther, R; Schleeger, S; Mehrle, A; Bechtel, S; Sauermann, M; Korf, U. From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline (англ.) // Genome Res.[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2136—2144. — doi:10.1101/gr.2576704. — PMID 15489336. — PMC 528930.
  • Kimura K; Wakamatsu A; Suzuki Y; Ota, T; Nishikawa, T; Yamashita, R; Yamamoto, J; Sekine, M; Tsuritani, K. Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes (англ.) // Genome Res.[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 16, no. 1. — P. 55—65. — doi:10.1101/gr.4039406. — PMID 16344560. — PMC 1356129.
  • Mehrle A; Rosenfelder H; Schupp I; Del Val, C; Arlt, D; Hahne, F; Bechtel, S; Simpson, J; Hofmann, O. The LIFEdb database in 2006 (англ.) // Nucleic Acids Res.[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 34, no. Database issue. — P. D415—D418. — doi:10.1093/nar/gkj139. — PMID 16381901. — PMC 1347501.