Endonukleaza

Endonukleaze su enzimi koji razlažu fosfodiestarsku vezu unutar polinukleotidnog lanca, što je u kontrastu sa egzonukleazama, koje razlažu fosfodiesterske veze na krajevima polinukleotidnog lanca. Tipično, restrikciono mesto je palindromska sekvenca duga četiri do šest nukleotida. Većina restrikcionih endonukleaza preseca ravnomerno DNK lance, proizvodeći komplementarne jednolančane krajeve. Ti krajevi se mogu ponovo spojiti putem hibridizacije i nazivaju se lepljivi krajevi. Nakon uparivanja, fosfodiesterske veze fragmentata se mogu spojiti DNK ligazama. Postoje stotine restrikcionih endonukleaza, koje napadaju različita restrikciona mesta. Svaki dati uzorak DNK sadrži više mesta prepoznavanja restrikcionih endonukleaza. DNK fragmenti formirani istom endonukleazom se mogu spojiti nezavisno od njihovog porekla. Restrikcione endonukleaze se dele u tri kategorije, Tip I, II, i III, na osnovu njihovog mehanizma dejstva. Ti enzimi se često koriste u genetikom inženjeringu za formiranje rekombinantne DNK za uvođenje u bakterijske, biljne, ili životinjske ćelije, kao i u sintetičkoj biologiji.[1]

Uobičajena notacija za restrikcione endonukleaze ima oblik "vwxyz", gde "vwx" imenuje životnu formu (bakteriju) u kojoj se ta ona može naći, "y" označava vrstu (što je opciono), i "z" (u romanskim brojevima) indicira različite restrikcione endonukleaze u istoj životnoj formi. Tako na primer, „EcoRI“ znači da je ta restrikciona endonukleaza nađena u bakteriji Escherichia coli („Eco“); vrsti RY13 („R“), i da je ona restrikciona endonukleaza broj "I". Slično tome: „HaeII“ i „HaeIII“ potiču iz bakterija Haemophilus aegyptius, i imaju brojeve II i III, respektivno.[2]

Reference

  1. ^ "Emergent computation: Emphasizing Bioinformatics", by Matthew Simon, Springer, Appendix, pp. 375-390
  2. ^ A. R. Templeton, K. A. Crandall and C. F. Sing (1992). „A Cladistic Analysis of Phenotypic Associations With Haplotypes Inferred From Restriction Endonuclease Mapping and DNA Sequence Data. III. Cladogram Estimation”. Genetics. 132 (2): 619—633. 

Literatura

  • Nicholas C. Price; Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third изд.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
  • Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 изд.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
  • Branden C; Tooze J. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0. 
  • Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 изд.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
  • William P. Jencks (1987). Catalysis in Chemistry and Enzymology. Dover Publications. ISBN 0486654605. 

Vidi još

Spoljašnje veze

  • p
  • r
  • u
Hidrolaze: esteraze (EC 3.1)
3.1.1: Hidrolaze karboksilnih estara
Holinesteraza (Acetilholinesteraza, Butirilholinesteraza· Pektinesteraza · 6-fosfoglukonolaktonaza · PAF acetilhidrolaza

Lipaza (Zavisna od žučnih soli, Gastrična/Lingvalna, Pankreasna, Lizozomalna, Hormon-sensitivna, Endotelna, Hepatička, Lipoproteinska, Monoacilglicerolna, Diacilglicerolna)

Fosfolipaza (A1, A2, B)
3.1.2: Tioesteraza
Tioesteraza palmitoil proteina · Ubikvitin karboksilni-terminal hidrolaza L1
3.1.3: Fosfataza
Alkalna fosfataza (ALPI, ALPL, ALPP) · Kiselinska fosfataza (Prostatična)/Tartrat-otporna kiselinska fosfataza/Fosfataze purpurne kiseline · Nukleotidaza · Glukoza 6-fosfataza · Fruktoza 1,6-bisfosfataza ·

Kalcineurin · Fosfoproteinska fosfataza (PP2A· OCRL · Piruvat dehidrogenazna fosfataza · Fruktoza 6-P,2-kinaza:fruktoza 2,6-bisfosfataza · PTEN · Fitaza · Іnozitol-fosfat fosfataza (IMPA1)

Fosfoproteinska fosfataza: Proteinska tirozinska fosfataza · Proteinska serin/treoninska fosfataza · Fosfataza dualne-specifičnosti
3.1.4: Fosfodiesteraza
Autotaksin · Fosfolipaza (C, D· Sfingomijelin fosfodiesteraza (1) · PDE1 · PDE2 · PDE3 · PDE4A/PDE4B · PDE5 · Lecitinaza (Clostridium perfringens alfa toksin) · Fosfodiesteraza cikličnih nukleotida
3.1.6: Sulfataza
arilsulfataza (Arilsulfataza A, Arilsulfataza B, Arilsulfataza E, Steroidna sulfataza· Galaktozamine-6 sulfataza · Iduronat-2-sulfataza · N-acetilglukosamin-6-sulfataza
Nukleaza (obuhvata
deoksiribonukleazu i
ribonukleazu)
3.1.11-16: Eksonukleaza
Eksodeoksiribonukleaza
Eksoribonukleaza
3.1.21-31: Endonukleaza
Endodeoksiribonukleaza
Deoksiribonukleaza I · Deoksiribonukleaza II · Deoksiribonukleaza IV · Restrikcioni enzim · UvrABC endonukleaza
Endoribonukleaza
RNaza III · RNaza H (1, 2A, 2B, 2C) · RNaza P · RNaza A (1, 2, 3, 4/5) · RNaza T1 · RNK-indukovani utišavajući kompleks
bilo dezoksi- ili ribo-
Aspergillus nukleaza S1 · Nukleaza mikrokoka
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
  • п
  • р
  • у
Teme
Tipovi
  • B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
Portali:
  •  Molekularna i ćelijska biologija
  •  Hemija
Нормативна контрола Уреди на Википодацима
  • Енциклопедија Британика