Receptor retinoinske kiseline gama

Receptor retinoinske kiseline, gama
PDB slika je bazirana na 3lbd.
Доступне структуре
1dsz​, 1exa​, 1exx​, 1fcx​, 1fcy​, 1fcz​, 1fd0​, 1hra​, 2lbd​, 3lbd​, 4lbd​
Идентификатори
Симболи RARG; NR1B3; RARC
Вањски ИД OMIM: 180190 MGI: 97858 HomoloGene: 20263 GeneCards: RARG Gene
Онтологија гена
Молекулска функција • активност транскрипционог фактора
• активност стероидног хормонског рецептора
• активност рецептора ретиноинске киселине
• везивање за протеине
• везивање јона цинка
• секвенца-специфично ДНК везивање
• везивање металног јона
Ћелијска компонента • нуклеус
• комплекс транскрипционог фактора
Биолошки процес • транскрипција
• регулација транскрипције, DNК-зависна
• развој мултићелијских организама
• позитивна регулација апоптозе
• позитивна регулација транскрипције од промотора РНК полимеразе II
• морфогенеза ембрионског ока
Ортолози
Врста Човек Миш
Ентрез 5916 19411
Eнсембл n/a ENSMUSG00000001288
UниПрот n/a Q3UG86
Реф. Секв. (иРНК) XM_940838 NM_001042727
Реф. Секв. (протеин) XP_945931 NP_001036192
Локација (УЦСЦ) n/a Chr 15:
102.06 - 102.09 Mb
ПубМед претрага [1] [2]

Receptor retinoinske kiseline gama (RAR-gama), isto poznat kao NR1B3 (nuklearni receptor potfamilije 1, grupa B, član 3) je nuklearni receptor kodiran genom RARG.[1]


Interakcije

Pokazano je za receptor retinoinske kiseline gama da može da formnira interakciju sa Nuklearnim receptorom korepresorom 1.[2]

Reference

  1. ^ „Entrez Gene: RARG retinoic acid receptor, gamma”. 
  2. ^ Dowell, P; Ishmael J E; et al. (1999). „Identification of nuclear receptor corepressor as a peroxisome proliferator-activated receptor alpha interacting protein”. J. Biol. Chem. UNITED STATES. 274 (22): 15901—7. ISSN 0021-9258. PMID 10336495. 

Literatura

  • Leid, M.; P, Kastner; Lyons, R.; et al. (1992). „Purification, cloning, and RXR identity of the HeLa cell factor with which RAR or TR heterodimerizes to bind target sequences efficiently.”. Cell. 68 (2): 377—95. PMID 1310259. doi:10.1016/0092-8674(92)90478-U. 
  • Vollberg, T. M.; Nervi, C.; George, M. D.; et al. (1992). „Retinoic acid receptors as regulators of human epidermal keratinocyte differentiation.”. Mol. Endocrinol. 6 (5): 667—76. PMID 1318502. doi:10.1210/me.6.5.667. 
  • Lehmann JM, Zhang XK, Pfahl M (1992). „RAR gamma 2 expression is regulated through a retinoic acid response element embedded in Sp1 sites.”. Mol. Cell. Biol. 12 (7): 2976—85. PMID 1320193. 
  • Mattei, M. G.; Rivière, M.; A, Krust; et al. (1991). „Chromosomal assignment of retinoic acid receptor (RAR) genes in the human, mouse, and rat genomes.”. Genomics. 10 (4): 1061—9. PMID 1655630. doi:10.1016/0888-7543(91)90199-O. 
  • Lehmann JM, Hoffmann B, Pfahl M (1991). „Genomic organization of the retinoic acid receptor gamma gene.”. Nucleic Acids Res. 19 (3): 573—8. PMID 1849262. doi:10.1093/nar/19.3.573. 
  • Kastner, P.; A, Krust; Mendelsohn, C.; et al. (1990). „Murine isoforms of retinoic acid receptor gamma with specific patterns of expression.”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (7): 2700—4. PMID 2157210. doi:10.1073/pnas.87.7.2700. 
  • Giguère, V.; M, Shago; Zirngibl, R.; et al. (1990). „Identification of a novel isoform of the retinoic acid receptor gamma expressed in the mouse embryo.”. Mol. Cell. Biol. 10 (5): 2335—40. PMID 2157970. 
  • Ishikawa, T.; K, Umesono; Mangelsdorf, D. J.; et al. (1990). „A functional retinoic acid receptor encoded by the gene on human chromosome 12.”. Mol. Endocrinol. 4 (6): 837—44. PMID 2172793. doi:10.1210/mend-4-6-837. 
  • Krust, A.; P, Kastner; Petkovich, M.; et al. (1989). „A third human retinoic acid receptor, hRAR-gamma.”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (14): 5310—4. PMID 2546152. doi:10.1073/pnas.86.14.5310. 
  • Renaud, J. P.; Rochel, N.; M, Ruff; et al. (1996). „Crystal structure of the RAR-gamma ligand-binding domain bound to all-trans retinoic acid.”. Nature. 378 (6558): 681—9. PMID 7501014. doi:10.1038/378681a0. 
  • Zhou L, Pang J, Munroe DG, Lau C (1993). „A human retinoic acid receptor gamma isoform is homologous to the murine retinoic acid receptor gamma 7.”. Nucleic Acids Res. 21 (10): 2520. PMID 7685085. doi:10.1093/nar/21.10.2520. 
  • Zitnik, R. J.; RM, Kotloff; Latifpour, J.; et al. (1994). „Retinoic acid inhibition of IL-1-induced IL-6 production by human lung fibroblasts.”. J. Immunol. 152 (3): 1419—27. PMID 8301142. 
  • Botling, J.; Castro, D. S.; Oberg, F.; et al. (1997). „Retinoic acid receptor/retinoid X receptor heterodimers can be activated through both subunits providing a basis for synergistic transactivation and cellular differentiation.”. J. Biol. Chem. 272 (14): 9443—9. PMID 9083083. doi:10.1074/jbc.272.14.9443. 
  • Lømo, J.; Smeland, E. B.; Ulven, S.; et al. (1998). „RAR-, not RXR, ligands inhibit cell activation and prevent apoptosis in B-lymphocytes.”. J. Cell. Physiol. 175 (1): 68—77. PMID 9491782. doi:10.1002/(SICI)1097-4652(199804)175:1<68::AID-JCP8>3.0.CO;2-A. 
  • Klaholz, B. P.; JP, Renaud; Mitschler, A.; et al. (1998). „Conformational adaptation of agonists to the human nuclear receptor RAR gamma.”. Nat. Struct. Biol. 5 (3): 199—202. PMID 9501913. doi:10.1038/nsb0398-199. 
  • Zhang, Z. P.; CJ, Gambone; Gabriel, J. L.; et al. (1999). „Arg278, but not Lys229 or Lys236, plays an important role in the binding of retinoic acid by retinoic acid receptor gamma.”. J. Biol. Chem. 273 (51): 34016—21. PMID 9852056. doi:10.1074/jbc.273.51.34016. 
  • Yang C, Zhou D, Chen S (1999). „Modulation of aromatase expression in the breast tissue by ERR alpha-1 orphan receptor.”. Cancer Res. 58 (24): 5695—700. PMID 9865725. 
  • Nagpal, S.; C, Ghosn; DiSepio, D.; et al. (1999). „Retinoid-dependent recruitment of a histone H1 displacement activity by retinoic acid receptor.”. J. Biol. Chem. 274 (32): 22563—8. PMID 10428834. doi:10.1074/jbc.274.32.22563. 
  • Egea, P. F.; Mitschler, A.; N, Rochel; et al. (2000). „Crystal structure of the human RXRalpha ligand-binding domain bound to its natural ligand: 9-cis retinoic acid.”. EMBO J. 19 (11): 2592—601. PMID 10835357. doi:10.1093/emboj/19.11.2592. 
  • Boudjelal M, Voorhees JJ, Fisher GJ (2002). „Retinoid signaling is attenuated by proteasome-mediated degradation of retinoid receptors in human keratinocyte HaCaT cells.”. Exp. Cell Res. 274 (1): 130—7. PMID 11855864. doi:10.1006/excr.2001.5450. 

Vidi još

  • п
  • р
  • у
PDB Galerija
  • п
  • р
  • у
(1) Osnovni domeni
(1.1) Osnovni leucinski zatvarač (bZIP)
Aktivirajući transkripcioni faktor (AATF, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) • AP-1 (c-Fos, FOSB, FOSL1, FOSL2, c-Jun, JUNB, JUND) • BACH (1, 2) • BATF • BLZF1 • C/EBP (α, β, γ, δ, ε, ζ) • CREB (1, 3, L1) • CREM • DBP • DDIT3 • GABPA • HLF • MAF (B, F, G, K) • NFE (2, L1, L2) • NFIL3 • NRL • NRF1 • XBP1
(1.2) Osnovni heliks-petlja-heliks (bHLH)
ATOH1 • AhR • AHRR • ARNT • ASCL1 • BHLHB2 • BMAL (ARNTL, ARNTL2) • CLOCK • EPAS1 • HAND (1, 2) • HES (5, 6) • HEY (1, 2, L) • HES1 • HIF (1A, 3A) • ID (1, 2, 3, 4) • LYL1 • MXD4 • MYCL1 • MYCN • Myogenic regulatorni faktori (MyoD, Myogenin, MYF5, MYF6) • Neurogenini (1, 2, 3) • NeuroD (1, 2) • NPAS (1, 2, 3) • OLIG (1, 2) • Pho4 • Scleraxis • TAL (1, 2) • Twist • USF1
(1.3) bHLH-ZIP
AP-4 • MAX • MITF • MNT • MLX • MXI1 • Myc • SREBP (1, 2)
(1.4) NF-1
NFI (A, B, C, X) • SMAD (R-SMAD (1, 2, 3, 5, 9) - I-SMAD (6, 7) - 4)
(1.5) RF-X
RFX (1, 2, 3, 4, 5, ANK)
(1.6) Osnovni heliks-razmak-heliks (bHSH)
AP-2 (α, β, γ, δ, ε)
(2) DNA-vezujući domeni cinkovog prsta
(2.1) Nuklearni receptor (Cys4)
potfamilija 1 (Tiroidni hormon (α, β), CAR, FXR, LXR (α, β), PPAR (α, β/δ, γ), PXR, RAR (α, β, γ), ROR (α, β, γ), Rev-ErbA (α, β), VDR)
potfamilija 2 (COUP-TF (I, II), Ear-2, HNF4 (α, γ), PNR, RXR (α, β, γ), Testikularni receptor (2, 4), TLX)
potfamilija 3 (Steroidni hormon (Androgen, Estrogen (α, β), Glukokortikoid, Mineralokortikoid, Progesteron), Estrogen-vezani (α, β, γ))
potfamilija 4 NUR (NGFIB, NOR1, NURR1) • potfamilija 5 (LRH-1, SF1) • potfamilija 6 (GCNF) • potfamilija 0 (DAX1, SHP)
(2.2) Drugi Cys4
GATA (1, 2, 3, 4, 5, 6) • MTA (1, 2, 3) • TRPS1
(2.3) Cys2His2
Generalni transkripcioni faktori (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF (1, 2), TFIIH (1, 2, 4, 2I, 3A, 3C1, 3C2))
ATBF1 • BCL (6, 11A, 11B) • CTCF • E4F1 • EGR (2, 3) • ERV3 • GFI1 • GLI-Kruppel familija (1, 2, 3, REST, S2, YY1) • HIC (1, 2) • HIVEP (1, 2, 3) • IKZF (1, 2, 3) • ILF (2, 3) • KLF (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17) • MTF1 • MYT1 • OSR1 • SP (1, 2, 4, 7) • WT1 • Zbtb7 (7A, 7B) • ZBTB (16, 17, 20, 32, 33, 40) • cink prst (3, 7, 9, 10, 19, 22, 24, 33B, 34, 35, 41, 43, 44, 51, 74, 143, 146, 148, 165, 202, 217, 219, 238, 239, 259, 267, 268, 281, 295, 318, 330, 346, 350, 365, 366, 384, 423, 451, 452, 471, 593, 638, 649, 655)
(2.4) Cys6
HIVEP1
(2.5) Naizmenična kompozicija
AIRE • DIDO1 • GRLF1 • ING (1, 2, 4) • JARID (1A, 1B, 1C, 1D, 2) • JMJD1B
(3.1) Homeodomen
ARX • CDX (1, 2) • CRX • CUTL1 • DBX (1, 2)  • DLX (3, 4, 5) • EMX2 • EN (1, 2) • FHL (1, 2, 3) • HESX1 • HHEX • HLX • Homeobox (A1, A2, A3, A4, A5, A7, A9, A10, A11, A13, B1, B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, B9, B13, C4, C5, C6, C8, C9, C10, C11, C13, D1, D3, D4, D8, D9, D10, D11, D12, D13) • HOPX • IRX (1, 2, 3, 4, 5, 6, MKX) • LMX (1A, 1B) • MEIS (1, 2) • MEOX2 • MNX1 • MSX (1, 2) • NANOG • NKX (2-1, 2-2, 2-3, 2-5, 3-1, 3-2, 6-1, 6-2) • PBX (1, 2, 3) • PHF (1, 3, 6, 8, 10, 16, 17, 20, 21A) • PITX (1, 2, 3) • POU domen (PIT-1, BRN-3: A, B, C, Oktamer transkripcioni faktor: 1, 2, 3/4, 6, 7, 11) • OTX (1, 2) • PDX1 • ZEB (1, 2)
(3.2) Paired box
PAX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9)
(3.3) Fork glava / winged heliks
E2F (1, 2, 3, 4, 5) • FOX proteini (C1, C2, D3, E1, G1, H1, K2, L2, M1, N3, O1, O3, O4, P1, P2, P3)
(3.4) Faktori toplotnog šoka
HSF (1, 2, 4)
(3.5) Triptofan klasteri
ELF (2, 4, 5) • EGF • ELK (1, 3, 4) • ERF • ERG • ETS (1, 2, SPIB) • ETV (1, 4, 5, 6) • FLI1 • Interferon regulatorni faktori (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • MYB • MYBL2
(3.6) TEA domen
transkripcioni pojačivač faktor (1, 2, 3, 4)
(4) β-Scaffold faktori sa manjim žljebnim kontaktima
(4.1) Rel homologni region
NF-κB (NFKB1, NFKB2, REL, RELA, RELB) • NFAT (C1, C2, C3, C4, 5)
(4.2) STAT
STAT (1, 2, 3, 4, 5, 6)
(4.3) p53
p53 • TBX (1, 2, 3, 5, 19, 21, 22, Brahiuri, TBR1)
(4.4) MADS kutija
Mef2 (A, B, C, D) • SRF
(4.6) TATA vezujući proteini
TBP • TBPL1
(4.7) Grupa visoke pokretljivosti
HMGB (1, 2, 3) • HNF (1A, 1B) • LEF1 • SOX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 18, 21) • SRY • SSRP1 • TCF (3, 4) • TOX (1, 2, 3, 4)
(4.10) Domen hladnog šoka
CSDA, YBX1
(4.11) Runt
CBF (CBFA2T2, CBFA2T3, RUNX1, RUNX2, RUNX3, RUNX1T1)
(0) Drugi transkripcioni faktori
(0.2) HMGI(Y)
HMGA (1, 2) • HBP1
(0.3) Džep domen
Rb • RBL1 • RBL2
(0.5) AP-2/EREBP-vezani faktori
Apetala 2 • EREBP • B3
(0.6) Razno
ARID (1A, 1B, 2, 3A, 3B, 4A) • CAP • IFI (16, 35) • MLL (2, 3, T1) • MNDA • NFY (A, B, C) • Ro/Sigma
vidi isto transkripcioni faktor/koregulator nedostataka
B bsyn: dnk (repl, cycl, reco, repr) · tscr (fact, tcrg, nucl, rnat, rept, ptts) · tltn (risu, pttl, nexn) · dnab, rnab/runp · stru (domn, 1°, 2°, 3°, 4°)